V roce 1945 byl pro děti předškolního věku zřízen ve Zlaté Koruně dětský útulek, který byl vydržován Okresní péčí o mládež v Českém Krumlově a o děti se starala pěstounka. Od 1. května 1951 byl trvalý dětský útulek přeměněn na mateřskou školu. Během následujících let poklesl počet dětí a dnem 7. 4. 1957 byla mateřská škola zrušena a přeměněna opět na dětský trvalý útulek. Od vzniku se útulek několikrát stěhoval po volných prostorách budov ve Zlaté Koruně. V červnu 1957 přidělil místní národní výbor útulku volné prostory v klášteře. Dětský útulek byl v roce 1962 přeměněn na mateřskou školu. Škola zahájila svůj provoz 1. května 1962. Od roku 2005 se stala škola součástí příspěvkové organizace ZŠ a MŠ Holubov. Do roku 2011 byla MŠ ve Zlaté Koruně jednotřídní. V roce 2010 byly v přízemí budovy tehdejšího obecního úřadu a dnešní školy provedeny stavební úpravy za účelem zřízení třídy mateřské školy. Od 1. 7. 2011 byla mateřská škola v rejstříku škol a školských zařízení registrována jako samostatný právní subjekt dvoutřídní mateřská škola se dvěma místy výkonu činnosti ve Zlaté Koruně. Od 1. 9. 2022 je mateřská škola součástí Základní školy a Mateřské školy Antonína Borového Zlatá Koruna.